Titre original: The Long Goodbye
Numéro de l'épisode : #216
Date de première diffusion: 2 janvier 2006
Scénario de: Damian Kindler
Réalisé par : Non-Disponible
Acteurs invités: Non-Disponible
Court synopsis: Sheppard et Weir deviennent une menace pour Atlantis quand leurs esprits se retrouvent sous le contrôle de deux êtres hostiles.
Spoilers: « En chemin pour examiner une source d’énergie potentielle, l’équipe d’Atlantis découvre deux nacelles en orbite autour d’une lune. Ramenant l’une d’elles sur Atlantis pour observation, ils découvrent une femme âgée maintenue en stase à l’intérieur. Alors qu’ils spéculent sur son âge, un faisceau d’énergie émane de la nacelle et frappe Weir, l’amenant à héberger la conscience de la femme de la nacelle. A travers Weir, l’équipe apprend que la femme, Phoebus, faisait partie d’une race d’exploreurs dont le vaisseau fut attaqué par les Wraith. Clamant que le corps de son mari, Thalan, occupe la seconde des deux nacelles, elle demande à ce que l’équipe le ramène sur Atlantis afin que Sheppard puisse héberger la conscience de celui-ci et ainsi leur permettent de se parler une dernière fois.
Malheureusement, une fois le plan mis en œuvre, l’équipe apprend que ce n’était qu’une ruse ; Thalan et Phoebus sont en fait ennemis et sa véritable intention était de le ranimer afin de pouvoir enfin en finir avec lui. En jouant au chat et de la souris, ils causent de véritables ravages sous la forme de Weir et Sheppard, forçant le reste de l’équipe à trouver un moyen de les stopper avant qu’ils ne se détruisent l’un l’autre et Atlantis elle-même. Pour compliquer encore un peu plus les choses, Caldwell vient de reprendre du service après avoir été possédé par un parasite Goa’uld ; son équipage et lui-même se demande s’il est en pleine possession de ses moyens.
Alors qu’ils continuent leur combat dans la cité, Phoebus et Thalan laissent plusieurs blessés sur leur passage, dont Major Lorne et Teal’c. Après que les intrus réussissent à désactiver l’alimentation de la cité, Caldwell est obligé de passer sur le système auxiliaire tandis que McKay tente de réaliser les réparations nécessaires. Incapable de maîtriser Phoebus, Teyla réussit néanmoins à capturer Thalan. Sachant que ce n'est qu'une question de temps avant que Weir et Sheppard redeviennent eux-mêmes, l’équipe cherche à gagner du temps jusqu’à ce que Phoebus menace d’activer un système chimique d’extinction d’incendie qui pourrait faire de nombreuses victimes sur Atlantis si Teyla n’obéit pas et ne tue pas Thalan. Cependant, alors que Teyla ne pense plus avoir d’autres choix que d’obéir, McKay réussit à contourner les codes de sécurité qui ont été utilisés pour verrouiller les systèmes de la cité, laissant Phoebus vulnérable à une décharge paralysante de l’arme de Sheppard. »